L'église Sainte-Radegonde est édifiée à partir du xie siècle à l'initiative des bénédictins de l'abbaye de Saint-Jean-d'Angély, lesquels auraient fait du sanctuaire une étape sur l'un des chemins de Saint-Jacques-de-Compostelle. Ainsi, après avoir suivi la Via Turonensis jusqu'à Saintes, certains jacquets auraient choisi de se rendre à Talmont d'où ils auraient embarqué pour la basilique de Soulac, sur l'autre rive de l'estuaire de la Gironde, poursuivant leur périple par la voie de Soulac.

Bien qu'une plaque commémorant le pèlerinage ait été apposée à proximité de l'église par la « Patrimoine Historique et Culturel de Talmont sur Gironde », l'importance - sinon la réalité - de celui-ci se heurte à l'absence de preuves tangibles antérieures au milieu du xxe siècle[2].

La transformation du village en bastide par le roi d'Angleterre Édouard Ier, duc d'Aquitaine, implique la fortification d'une partie de l'église. Un chemin de ronde est édifié au-dessus de l'abside. Cependant, ce ne sont pas les guerres qui provoquent la destruction d'une partie de l'église, mais une violente tempête qui cause l'effondrement d'une partie de la falaise servant d'assise à l'édifice. Les deux premières travées de la nef et une partie de la crypte sont emportés par les flots[3]. Des travaux de consolidation sont effectués par la suite, tandis qu'une nouvelle façade gothique est édifiée.

L'église est classée monument historique le 30 août 1890[4].

Les premiers travaux de restauration importants interviennent dès 1929, année qui voit le dégagement d'une partie de la crypte-ossuaire. Celle ci a été découverte lors de "fouilles faites devant le côté Ouest de l'église. Elle a une forme de navire, mesurant 9 mètres sur 4 mètres, et des monnaies carolingiennes y ont été trouvés. L'originalité de cette forme a son intérêt accru du fait que la crypte prend sa base sur un rocher de 12 mètres, et que , sur ses dix faces, quatre se trouvent à un mètre de la mer. L'état actuel des fouilles, arrêtées à une profondeur de 4 mètres, permet de prévoir en dessous des indices d'une seconde crypte. Les ossements trouvés au cours des fouilles ont été déposés dans un ossuaire creusé à cet effet.